Ее персональные выставки проходили в Швейцарии, Германии, Нидерландах, Португалии, Швеции, Бельгии, Великобритании, Франции, США, Японии. Работы Мюллер входят в коллекции музеев по всему миру. Марианн — автор нескольких фотокниг и монографий. Она работает в основном с фотографией, видео, инсталляциями и книгами. В своих проектах она аккумулирует наблюдения за повседневной средой, часто создавая сайт-специфичные выставки — экспозиции, которые делаются для конкретного пространства.